No hay prácticamente diferencias entre la Iglesia católica y las demás confesiones por lo que se refiere a la financiación indirecta mediante beneficios fiscales atribuidos en razón de su finalidad religiosa. Asimismo, “dado que las confesiones son entidades sin ánimo de lucro, todas tienen derecho a disfrutar de los beneficios fiscales previstos para estas asociaciones, con independencia de que hayan o no suscrito Acuerdo”.
Pero con respecto a la financiación directa, existen diferencias de tratamiento entre las confesiones que han suscrito Acuerdos de cooperación con el Estado, así como entre éstas y las confesiones sin Acuerdo. En particular, sólo la Iglesia católica goza de la asignación tributaria, lo que para algunos autores vulnera el principio de igualdad religiosa.
“Sin embargo, el Tribunal Constitucional se ha pronunciado en sucesivas ocasiones (…) desestimando las pretensiones de vulneración de los derechos de igualdad (art. 14 CE) y libertad religiosa (art. 16 CE). En opinión del Alto Tribunal, la diferencia de trato legal entre las confesiones en materia fiscal no está desprovista de justificación objetiva y razonable porque los términos de comparación propuestos no son adecuados. (…) Por una parte, alude a la diferente presencia sociológica de las confesiones en el territorio español (número de fieles, volumen del respectivo patrimonio histórico y cultural a su cargo, etc.) para justificar que no se trata de supuestos equiparables. El erario público es limitado y exige una asignación eficiente de recursos, vinculada -por lo general- a la demanda social. (…)
”Por otra parte, atendiendo a esa presencia, el Estado puede comprometerse a colaborar en el sostenimiento económico de las confesiones mediante la firma de Acuerdos. Pero el artículo 16.3 CE no otorga un derecho fundamental directamente exigible a los poderes públicos que les obligue a establecer las vías indicadas para obtener los pretendidos beneficios fiscales. (…) El Tribunal Europeo de Derechos Humanos ha confirmado estos pronunciamientos, declarando inadmisibles las correspondientes demandas”.
Por último, que la Iglesia católica sea la única confesión con Acuerdo que reciba la asignación tributaria se debe a que las otras no lo solicitaron al negociar los Acuerdos, en 1992. “Prefirieron acogerse a los beneficios fiscales indirectos, quizás también motivadas por el carácter transitorio de la entrega de fondos públicos a la Iglesia católica. (…) Sólo en fechas recientes la Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España (FEREDE) y la Comisión Islámica de España (CIE) han comenzado a trabajar en este sentido”.
Sin embargo, las confesiones no católicas con Acuerdo o con notorio arraigo cuentan con un sistema de financiación pública. “Se trata de una dotación económica destinada a financiar proyectos de carácter cultural, educativo y de integración social presentados por dichas confesiones. La gestión de esos fondos corresponde a una fundación pública estatal creada expresamente para esa finalidad: la Fundación Pluralismo y Convivencia, constituida por el Ministerio de Justicia.
“Este sistema de financiación pretende dar respuesta al principio de igualdad material del artículo 9.2 CE, en la medida en que el legislador ha querido vincularlo con el sistema de financiación de la Iglesia católica, puesto que de modo expreso se dice que la provisión de fondos a favor de las confesiones minoritarias es para el año 2005 y con carácter temporal en tanto no se alcance la autofinanciación completa de todas las confesiones religiosas en España”.