Fue ya una novedad importante su viaje a Marruecos en 1985, la primera visita oficial de un Papa a un país musulmán, con un memorable discurso a miles de jóvenes en Casablanca. Mayor trascendencia aún tuvo la visita a la mezquita de Damasco, en mayo de 2001: era la primera vez que un Pontífice Romano entraba en un recinto sagrado del islam. En estos y otros encuentros con representantes musulmanes Juan Pablo II destacó las creencias comunes y las posibilidades de colaboración.
«El hecho de que nos reunamos en este recinto de plegarias -dijo Juan Pablo II en Damasco- nos recuerda que el ser humano es una criatura espiritual, llamada a reconocer y respetar la absoluta prioridad de Dios sobre todas las cosas. Cristianos y musulmanes estamos de acuerdo en que el encuentro con Dios en la oración es el alimento necesario de nuestras almas».
En otros ámbitos menos oficiales Juan Pablo II no dejó de señalar también las diferencias. Así, en respuesta a una de las preguntas hechas por Vittorio Messori en el libro «Cruzando el umbral de la esperanza» (1994), decía que «gracias a su monoteísmo, los creyentes de Alá nos son particularmente cercanos» y reconocía que «no se puede dejar de admirar su fidelidad a la oración».
Sin embargo, mientras que los musulmanes consideran el Corán la culminación de la revelación, para Juan Pablo II se trataba de un declive: «Es imposible no advertir el alejamiento de lo que Dios ha dicho de Sí mismo, primero en el Antiguo Testamento por medio de los profetas y luego de modo definitivo en el Nuevo Testamento por medio de su Hijo. Toda esa riqueza de la autorrevelación de Dios, que constituye el patrimonio del Antiguo y del Nuevo Testamento, en el islamismo ha sido de hecho abandonada».
Reconocía que al Dios del Corán se le dan unos nombres bellos, «pero en definitiva es un Dios que está fuera del mundo, un Dios que es solo Majestad, nunca el Emmanuel, Dios-con-nosotros. El islamismo no es una religión de redención». Por eso, «no solamente la teología, sino también la antropología del islam, están muy lejos de la cristiana».
Juan Pablo II recuerda en esa entrevista que la Iglesia ha llamado al diálogo con el islam a partir del Vaticano II, y así se ha procurado practicar. Pero también señalaba dificultades muy concretas para este diálogo: «En los países donde las corrientes fundamentalistas llegan al poder, los derechos del hombre y el principio de la libertad religiosa son interpretados, por desgracia, muy unilateralmente; la libertad religiosa es entendida como libertad de imponer a todos los ciudadanos la verdadera religión. La situación de los cristianos en esos países es a veces de todo punto dramática. Los comportamientos fundamentalistas de este tipo hacen muy difícil los contactos recíprocos. No obstante, por parte de la Iglesia, permanece inmutable la apertura al diálogo y a la colaboración».