El título de la serie se refiere a la filial de la CIA en la capital alemana, que se ve conmocionada por un auténtico terremoto: alguien revela información secreta a un periódico de Berlín. Aunque se mencione expresamente a Julian Assange y Edward Snowden, el tema central de la primera temporada no son los informadores, sino en realidad las relaciones entre los servicios secretos de Alemania y de Estados Unidos que, en tiempos de las escuchas de políticos alemanes por parte de la NSA, están marcadas por la desconfianza. En este sentido, la melodía de la serie, I am afraid of Americans (“Tengo miedo de los americanos”, de David Bowie), tiene carácter programático.
Para encontrar al topo –un elemento clásico en las películas de espionaje–, la CIA envía a Berlín al agente Daniel Miller en una misión secreta: ni siquiera el jefe de la Station conoce el auténtico objetivo de Miller. Este es introducido por los vericuetos de Berlín por el veterano y desilusionado Hector DeJean. Unos flashbacks en colores cálidos que se contraponen a los grises y azules de Berlín revelan el pasado común de ambos, cuando Hector salvó la vida de Daniel en un atentado suicida en Chechenia.
Un aspecto destacado de las dos primeras temporadas es el tratamiento de los personajes estadounidenses y alemanes. A diferencia de otras películas de Estados Unidos que se desarrollan en Berlín –incluida, por ejemplo, El puente de los espías, de Steven Spielberg–, aquí los alemanes no desempeñan un papel secundario; tanto los jefes de los respectivos servicios secretos como los agentes Daniel Miller y Esther Krug actúan en igualdad de condiciones.
La segunda temporada se centra en el ascenso del partido populista de derechas Perspektive für Deutschland (el nombre es una modificación un tanto tosca de Alternative für Deutschland, o AfD) y en la política alemana respecto de los refugiados.
En la tercera temporada, la trama trata de la injerencia de Rusia en Estonia. La nueva directora de la Berlin Station envía a Estonia a su segundo, Robert Kirsch, y a Daniel Miller. Tras la repentina muerte del primer ministro estonio, se perfila como sucesora una joven empresaria y especialista informática; pero su proyecto de registrar a los habitantes de origen ruso como ciudadanos estonios se topa con la resistencia de grupos prorrusos, a los que le faltaría la excusa para intervenir. En una subtrama, Daniel Miller busca al asesino de su madre, para lo que solicita información de la agente alemana Esther Krug, con quien mantiene una relación sentimental. Otras subtramas apenas se consiguen integrar en la narración, en contraposición a la compleja estructura narrativa de la primera temporada. Asimismo, la evolución de los personajes en ocasiones resulta poco comprensible para el espectador.
Aun así, los autores consiguen no solo crear suspense, sino también integrar cuestiones actuales –por ejemplo, las fake news como arma política— en su thriller. A pesar de las deficiencias de la segunda y, sobre todo, de la tercera temporada, Berlin Station bien puede considerarse una serie de espionaje moderno. Su postura frente a los servicios secretos es bastante crítica; a modo de ejemplo sirva la frase que una periodista alemana dirige a Daniel Miller: “La política exterior norteamericana ha cargado más vidas sobre su conciencia que todos los ataques terroristas juntos”. La mayoría de los personajes, sin embargo, resultan más ambiguos en relación con las cuestiones morales que les plantea su actividad.