En 1999 y 2000, unas 13.000 personas murieron a causa de enfrentamientos religiosos y étnicos en las Molucas del Sur, provincia indonesia de 2,1 millones de habitantes. Aunque la violencia remitió después, sigue habiendo unos 350.000 refugiados que no han podido regresar a sus casas. El 12 de febrero se puso fin al conflicto mediante un acuerdo entre cristianos y musulmanes, avalado por el gobierno indonesio. Para asegurar el cumplimiento de lo firmado, tres representantes de las comunidades religiosas moluqueñas (musulmana, católica y protestante) han hecho en marzo una gira por Europa en busca de apoyos diplomáticos.
En el conflicto de las Molucas, lo religioso se mezcla con el nacionalismo y las rivalidades étnicas. Su principal origen remoto es la política de «transmigración» llevada a cabo por el gobierno de Suharto, que alteró la composición demográfica de la provincia. Los cristianos, hasta entonces mayoritarios, fueron desplazados por los musulmanes, que ahora son el 60%. En 1999, extremistas musulmanes procedentes de Java quisieron aprovechar la debilidad del gobierno indonesio, tras la caída de Suharto, para implantar la ley islámica en las Molucas. Formaron una milicia, Laskar Jihad, a la que los radicales cristianos respondieron con otra propia, Laskar Kristus, con el objetivo de independizarse de Indonesia creando la República de las Molucas del Sur.
El acuerdo de paz firmado en Malino (islas Célebes) estipula el desarme de todas las milicias, el retorno de los refugiados y la renuncia a las actividades separatistas. No se han adherido algunas facciones minoritarias, como el Frente Moluqueño de Defensores del Islam o los independentistas cristianos más radicales. Sin embargo, los jefes religiosos promotores del acuerdo confían en que se cumplirá porque, por vez primera, el gobierno indonesio se ha comprometido formalmente en favor de la pacificación. Hasta ahora, las autoridades de Yakarta habían mantenido una actitud poco firme, y el ejército había sido acusado por los cristianos de parcialidad a favor de los musulmanes.
Para explicar el acuerdo y pedir ayuda de los gobiernos occidentales han visitado varias capitales europeas y la Comisión de Derechos Humanos de la ONU, en Ginebra, el jefe de la comunidad musulmana de Ambon (la isla donde se encuentra la capital de la provincia), el obispo católico del mismo lugar y un pastor protestante. Durante la gira, el representante musulmán, Mohammed Yusuf Eli, declaró que el acuerdo constituye una derrota para los radicales islamistas, que han dañado gravemente la «imagen pacífica» del islam indonesio. Por su parte, el obispo Petrus Canisius Mandagi subrayó que la violencia no tenía sentido alguno y que el pacto de Malino representa una «victoria de todos los moluqueños» (cfr. Le Monde, 16-III-2002).