Sin llegar al cisma formal, el patriarcado de Moscú ha suspendido las relaciones con la sede de Constantinopla, que tiene la primacía de honor para toda la ortodoxia. El motivo es el conflicto en torno a la Iglesia ortodoxa de Estonia, hasta ahora dependiente de Moscú, a la que Constantinopla ha aceptado bajo su jurisdicción.
La «ruptura de comunión» se ha señalado con un gesto significativo durante una solemne liturgia celebrada el 23 de febrero en la catedral moscovita. Cuando llegó el momento de leer los dípticos, en los que se nombra a todos los patriarcas en ejercicio, el patriarca de Moscú, Alexis II, y otros cincuenta obispos oficiantes no mencionaron a Bartolomé I, patriarca de Constantinopla. Una declaración oficial del patriarcado de Moscú confirmó que la omisión había sido deliberada, al subrayar que era la primera vez que se hacía tal cosa desde el año 988, fecha en que comenzó a existir la Iglesia en Rusia. Además de este símbolo, el patriarcado ruso ha prohibido a sus sacerdotes participar en actos litúrgicos con clérigos dependientes de Constantinopla.
El enfrentamiento entre los dos patriarcados a propósito de la Iglesia estonia es antiguo, y dos años de negociaciones no han podido resolverlo (ver servicio 11/96). Los problemas comenzaron cuando, después de que Estonia recobrara la independencia, la Iglesia ortodoxa de este país pidió sustraerse de la jurisdicción rusa, a la que había sido adscrita por imposición soviética en 1945. Hasta entonces dependía de Constantinopla, en virtud de una disposición de 1923.
Bartolomé I alega que ha vuelto a aceptar bajo su autoridad a la Iglesia estonia a petición del gobierno de Tallinn y de dos tercios de los fieles estonios. Por su parte, el patriarcado de Moscú, en su comunicado, describe la decisión como un «atentado contra la secular unidad ortodoxa» y acusa a Constantinopla de injerirse en sus asuntos internos y de violar las leyes canónicas.
La Iglesia ortodoxa de Estonia no es la primera que se separa de Moscú tras el hundimiento de la URSS. En Moldavia (república con mayoría de población de origen rumano), una parte de la comunidad ortodoxa se pasó ya al patriarcado de Bucarest. En Ucrania, la Iglesia está dividida en varias obediencias, y algunas no quieren depender de Moscú. Aunque perseguida en la era soviética, la Iglesia rusa también hizo concesiones al régimen comunista, por lo que no es vista con simpatía en algunos países que pertenecieron a la órbita de la URSS.